Selon Dom BEBIN, elle aurait été fondée au VIè par St Colomban et le roi SIGESBERT.

Plusieurs incendies sont à l’origine des nombreuses transformations et expliquent les éléments d’époques différentes.

Il ne resta en 888, après le passage des Normands, que ruines et cendres, et l'abbaye, longtemps déserte, ne fut rétablie que dans le Xè ou le XIè siècle. Fort souvent mal administrée par des moniales aux mœurs douteuses, c'est au cours du XIIè qu'elle fut transformée en un couvent d'hommes par l'archevêque de Besançon Anséric, qui la donna, en 1132, aux Bénédictins de la Chaise-Dieu sous la conduite de St Bernard.

De celle construite de 1132 à 1160 par les abbés Bernard, Pierre, Lambert et Guichard, les restes sont plus nombreux.

A l’intérieur, fragments de pierres tombales sur lesquels on peut lire "Obiit F. Ben Aignot die 28 maii 1700 ", près d’un des piliers, une dalle est gravée d’une croix potencée. Il pourrait s’agir de celle de la fondatrice, l’abbesse Goidila (Sainte Gude).

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D’autres travaux furent réalisés sous les abbatiats de Renaud de Belmont (1352 env. -1374) et d'Etienne Perrexi de Lisle (1396-1416). Sur l’un des piliers, on a découvert l’inscription "Ci gist Frère Jehan de Valeroy qui trespassa le XIX d’avril l’an mil CCCLV dieu ay son ….. ". Dans l'église abbatiale (aujourd'hui l'église paroissiale) de Faverney fut déposé le corps de Jean de Bourgogne, mort le 6 décembre 1372. On y voit encore la pierre sépulcrale qui couvrait son mausolée. Dans le sanctuaire ou sous le transept on voit plusieurs pierres tumulaires qui datent de 1319, 1321, 1441, 1520, 1630, 1673, 1734, 1771.

Les 2 clochers s’élèvent de part et d’autre du transept.

Suivant un tracé probablement emprunté à l'abbatiale de Luxeuil, on remplaça le chevet du XIe siècle par un transept avec une chapelle rectangulaire greffée à l'est de chaque croisillon, et par un chœur profond de deux travées se fermant sur une abside polygonale. Puis on harmonisa le vaisseau à ces nouvelles constructions en le couvrant sur croisées d'ogives. En 1580 un incendie provoqua l'écroulement des voûtes du transept et des trois dernières travées du collatéral sud. L'abbé François de Grammont les rétablit en 1586 ; il allongea le bras nord du transept roman par une chapelle dédiée à Saint-Jean. Ce prélat acheva aussi le clocher érigé par Guy de Lambrey sur le bras sud du vieux transept et le couronna d'une flèche en bois.

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