A l’époque, la Franche-Comté était divisée en 2 circonscriptions : les bailliages d’Amont (au nord) et d’Aval (au sud).

Celui de Dôle ou du Milieu, le 3^ème, date de Philippe le Bon.

Après la mort tragique de Charles Le Téméraire (5 janvier 1477 devant les murs de Nancy), Louis XI fait rapidement main basse sur le duché de Bourgogne qui restera français.

La Comté, elle, reste à Marie de Bourgogne (fille de Charles Le Téméraire, descendant lui-même de Philippe Le Bel) qui en épousant la même année Maximilien 1^er d’Autriche la fait entrer dans les possessions des Habsbourg (.....ça va ?..... vous suivez ?).

Par le traité de Senlis le 23 mai 1493, Charles VIII abandonne définitivement ( !) la Franche-Comté aux Habsbourg et en y incluant par le biais de rente annuelle avec les Suisses leur protection éventuelle (plus tard contre François 1^er). Une façon comme une autre de "passer entre les gouttes ".

Cette dépendance, de 1493 à 1635, permit au Comté de Bourgogne de connaître près d’un siècle de paix. Sans pourtant l’ignorer tant les " voisins ", Français, Suisses et Allemands, la traversaient en permanence dans tous les sens, à l’aller et au retour, saccageant tout à chaque passage aux fins de rejoindre leurs ennemis.

Bien sûr, la Comté était loin de son prince mais pourtant tellement chère au cœur de son maître, un Habsbourg , et Charles Quint fut un de ceux qui le lui témoignèrent le plus.

Pourtant, la période ne fut pas si exempte que cela de souffrances, massacres, pillages, incendies

• Une grande part fut imputable aux guerres des religions. Tout commença en 1512 avec les nouveaux courants de pensée – la Réforme – (Lefèvre d’Etaples, Zwingli, Martin Luther, Calvin, Guillaume Farel, …). Les chrétiens se déchirèrent plus de 150 ans, les excès de part et d’autre entraînent de nombreuses destructions d’églises et de toutes les grandes abbayes d’Amont.
  Lors de la Révolution, moins de 10 pasteurs restaient dans les terres gagnées jadis par la Réforme.

• La fin du règne de Philippe II, roi d’Espagne, fut un désastre pour la Franche-Comté. Les pillages lors des traversées permanentes des Armées en route pour les Pays-Bas, les " dons gratuits " exigés par le souverain, l’avaient vidée jusqu’à la moelle. Près du 1/10è des habitants avaient été emportés par la grande peste de 1586
• 1595 : invasion des lorrains, versements de rançons phénoménales n’empêchant pas les mises à sac des villes et des villages. 500 villages Comtois furent à demi ruinés, l’acharnement étant tout particulier sur les églises et monastères.

                                                   LE "BON ROI HENRI" DEVANT L'HISTOIRE

       " Les manuels scolaires de la IIIe République l'appelaient le "bon roi Henri". Ils contaient avec émotion qu'il souhaitait à tous les paysans de France de pouvoir, chaque dimanche, "mettre la poule au pot" et qu'un jour, son ministre Sully (celui de "labourage et pâturage sont les deux mamelles de la France") l'avait surpris à quatre pattes, jouant à faire le cheval avec son gamin Louis (futur XIII). Certes, ses "fidélités successives" pour ses multiples maîtresses lui avaient valu le surnom de "Vert galant", mais on est en France et non aux Etats-Unis. Et puis, grâce à l'édit de Nantes, il avait permis aux protestants de pratiquer librement leur religion dans le royaume de France.
       La plupart des historiens sont aujourd'hui plus nuancés.

       Ils ont surtout appris à lire scrupuleusement les textes. Notamment celui de l'édit de Nantes : il ne dit pas du tout qu'il assure aux protestants la liberté totale de pratiquer leur religion (il leur faudra attendre la Révolution et la Déclaration des droits de l'homme et du citoyen d'août 1789), mais la garantie de pratiquer leur culte en quelques lieux seulement du royaume. Car, dès les premières lignes, il rappelle que le catholicisme, religion du roi, est celle du royaume et que le protestantisme ne peut être que toléré. Cette "tolérance" est d'ailleurs temporaire, en attendant que la conversion des protestants français les amènent tous dans le giron de l'Eglise romaine (à l'exemple d'Henri IV qui s'était converti lui-même quatre ou cinq fois, pour sauver sa vie ou parce que "Paris vaut bien une messe"). Car l'idée prévaut alors dans toute l'Europe que l'unité politique du royaume impose que tous ses sujets adoptent la même religion que le prince. Or, ce que vise Henri IV, c'est d'établir une monarchie absolue.

       Quant à son amour pour les paysans, si tant est qu'il ait été sincère, il n'englobait certes pas ceux de Franche-Comté. Car, après Louis XI en 1459 et avant Louis XIII en 1636, il lâcha sur elle en 1595 les mercenaires de La Trémouille et d'Haussonville, qui ravagèrent et rançonnèrent le nord du pays, tandis que lui-même agressait le sud. A Arbois, malgré sa parole donnée, il fit pendre le capitaine Morel et livra la place au pillage. Côté comtois, la cause était donc entendue.

       Pour faire d'Henri IV le "bon roi Henri", point n'est besoin de mener un travail d'historien. Pas plus qu'il n'est nécessaire d'être généalogiste pour avoir du "sang bleu" ou d'être jardinier pour se fabriquer un jardin extraordinaire : "il suffit, pour ça, d'un peu d'imagination". "